与北京的按病种付费方式不同，上海最先尝试的是医保费用总额控制的模式。随后又不断完善医保费用总额控制的制度，其中包括“总额预算按月预付、按季结算、风险共担”等制度。
一些专家认为，不管哪种模式，都在给医院传递一个信号，要控制费用，不然超出部分就得自己扛。这类信号背后的风险是，医院有可能为了控制费用，推诿病人，抑或是医疗质量受到影响。对此，不管是政府管理部门，还是政策的执行者医院或医保部门都认为，在制度设计中，应该考虑到这一因素。一些发达国家的经验是，建立监管部门保证医院的服务质量，防止推诿。