自2016年10月9日起，莆田市医保按病种付费的病种从原来的22个增加鼻癌、食道癌等至133个病种，并推广到全市所有三级医院和部分二级医院。
根据莆田市人社局、市财政局、市卫计委联合印发的《关于进一步开展基本医疗保险单病种付费结算工作的通知》（以下简称“通知”）介绍，本次医保单病种付费结算工作实施范围将推广到全市所有三级医院和部分二级医院：有莆田学院附属医院、莆田市第一医院、九五医院、仙游县医院、涵江医院、8710部队医院、荔城区医院和秀屿区医院，之后还将逐步在其他医院推广。服务对象为莆田市内的城乡居民基本医疗保险和城镇职工基本医疗保险的所有参保人员。通知同时对开展单病种付费结算工作进一步进行规范。
通知要求，严格病种范围确认。第一诊断符合单病种付费病种的基本医疗保险住院患者均应纳入单病种付费管理，医院不得以年龄、健康状况等为由对符合条件的患者拒于按病种付费管理之外。执行即时刷卡结算。按单病种付费结算的病例在本次住院中属基本医疗保险支付范围的费用，必须全部刷卡结算，不得向参保人员另行收费。落实按时报送数据。各医院于每月10日前将上月参保人员住院病例中属单病种结算的病例报送协议管理的医保经办机构，报送的材料要准确、真实等。
费用结算方面，通知指出，在总额预付制结算方式基础上开展按病种付费，医院年度总额控制指标包含按病种付费结算总金额。按病种付费年度结算完成后，当年度总额控制指标做相应核减。
按病种付费结算时，按照年度各病种实际发生总费用比核定总费用超出20%以内的部分，由所属医保经办机构与协议的定点医院按4:6比例分担，比核定总费用超出20%以上的部分不予补偿。另外，各协议管理医保经办机构每月根据医院执行单病种付费结算的情况，对医保统筹基金结算总金额不高于结算定额标准的医院，按范围内实际结算费用的90%预付。