参保之初，严格按注册登记表将参保职员参保信息录入城镇居民信息治理系统，对参保职员的变更情况，城镇和农村牧区分别在来年和当年进行变更。同时，加强城镇居民医疗保险和农牧民医疗保险治理工作，以家庭为单位，参保到社区，缴费到银行，实行了州级统筹“一卡通”的网络化治理。另外，降低起付线，进步报销比例，门诊和住院都与协议病院采取报销部门金额与县合管办直报的付费方式进行。通过采取这些措施，从而简化了报账程序，利便了群众，病人花费减少，人均住院用度低、基金压力减轻。非救助对象的农村居民实行大额医疗二次补偿。农牧民参保和缴费以家庭为单位，由各乡镇人民政府代办代收，配备专人负责。对发生的就医用度采取部门由定点医疗机构垫付，部门由省、州、县、乡级定点医疗机构垫付直报的形式，并进行用度由乡镇合管办初审，县合管复审后的方式按比例给予报销。 该县按期对医疗保险经办机构的基金运营情况进行监视检查，加强对医疗保险基金的财政、审计监视，防范各种违规行为，确保医疗保险基金的安全有效运行。
截至目前，门源回族自治县共参保城乡医保人数为14.08万人，其中：职工5433人、参保率为100%，居民1.37万人、参保率为96.3%，新农合12.17万人、参保率为100%。
在政策范围内的住院医疗用度实行分级按比例报销。